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/ Aminet 6 / Aminet 6 - June 1995.iso / Aminet / misc / sci / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00660 < prev    next >
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Text File  |  1995-03-04  |  1.8 KB  |  38 lines
  1. ****************************
  2. * CAP-Gly domain signature *
  3. ****************************
  4.  
  5. It has been shown [1]  that  some cytoskeleton-associated proteins (CAP) share
  6. the presence of a conserved, glycine-rich, domain  of about 42  residues (that
  7. we call here CAP-Gly). The  proteins that are known to contain this domain are
  8. listed below.
  9.  
  10.  - Restin (also know as cytoplasmic linker protein-170 or CLIP-170),  a 160 Kd
  11.    protein which is associated  with  intermediate  filaments  and  that links
  12.    endocytic vesicles to microtubules.  Restin contains two copies of the CAP-
  13.    Gly domain.
  14.  - Rat and Drosophila (gene glued)  150 Kd dynein-associated polypeptide (DAP)
  15.    which is involved in dynein-mediated vesicles transport.
  16.  - Yeast protein  BIK1  which seems  to  be  required  for  the  formation  or
  17.    stabilization of  microtubules  during  mitosis  and  for spindle pole body
  18.    fusion during conjugation.
  19.  - Caenorhabditis elegans hypothetical protein M01A8.4.
  20.  
  21. Structurally these proteins are all made of three distinct parts: a N-terminal
  22. section that is most probably globular  and which contains the CAP-Gly domain,
  23. a large  central  region  which is predicted to be in an alpha-helical coiled-
  24. coil conformation, and a short C-terminal globular domain.  The only exception
  25. is the C.elegans protein which only consist of the CAP-Gly domain.
  26.  
  27. The signature for the CAP-Gly domain  corresponds  to the first 32 residues of
  28. the domain and contains six of the seven conserved glycines.
  29.  
  30. -Consensus pattern: G-x(6)-G-x-[FYW]-x-G-[LIVM]-x-[LIVM]-x(4)-G-K-[NH]-x-G-
  31.                     [STA]-x(2)-G-x(2)-Y-F
  32. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  34. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  35.  
  36. [ 1] Riehemann K., Sorg C.
  37.      Trends Biochem. Sci. 18:82-83(1993).
  38.